Starší, málo používaný model. Vynikající kvalita, scanuje i negativy a diáčky v super kvalitě. Optického rozlišení 3200 x 6400 dpi je dosahováno pomocí šestiřádkového snímače Hyper CCD a přidána také byla nová vlastní technologie Canon FARE provádějící automatické retušování filmu - FARE level 2. Tyto funkce společně zajišťují bezkonkurenční kvalitu skenování a mimořádnou produktivitu - výsledkem je skener s nejlepší kvalitou a nejvyšší výkonností, jaká kdy byla u společnosti Canon dosažena. Model CanoScan 9900F je určen pro nejnáročnější fotografy a profesionální umělecké grafiky